Instalada em junho de 2017 e concluída em agosto daquele ano, a Comissão Parlamentar de Inquérito (CPI) das Irregularidades Fiscais e Tributárias de Mato Grosso do Sul apresentou em seu relatório final conclusões e descobertas interessantes que, em resumo, davam destaque a três situações: contradições e inverdades na delação premiada dos irmãos Joesley e Wesley Batista, que acusavam o governo estadual de cobrar propina para conceder os incentivos; graves irregularidades do grupo JBS, como a falta de cumprimento das contrapartidas que assumiu para obter benefícios como a isenção de impostos; e a inocência do governador Reinaldo Azambuja (PSDB), acusado pelos donos da rede de frigoríficos.
Presidida pelo deputado estadual Paulo Corrêa – à época no PR – e tendo como relator o tucano Flávio Kayatt, hoje conselheiro do Tribunal de Contas, a CPI foi clara e incisiva ao demonstrar que as falhas do JBS comprometeram os cofres do Estado. E a própria empresa admitiu as irregularidades. Sintomaticamente, a empresa não enviou representantes para a leitura do relatório e também não havia atendido seis convocações para apresentar provas das acusações de pagamento de propina ao governador Reinaldo Azambuja e a secretários de estado, entre eles o secretário de fazenda Marcio Monteiro.
A CPI aferiu que a empresa não cumpriu compromissos assumidos nos Termos de Ajustes de Regimento Especial (Tare), para o recebimento de incentivos fiscais do governo de Mato Grosso do Sul. Teria ignorado o compromisso de ampliar a produção e gerar 1200 empregos em troca de redução de impostos. Segundo o documento, o governo deveria cobrar do grupo o ressarcimento de R$ 731 milhões no prazo de 120 dias. No entanto, foi celebrado um acordo pelo qual seriam disponibilizados alguns imóveis como garantia para livrar parte de seus bens do bloqueio judicial. A CPI analisou mais de 10 mil notas fiscais das empresas do grupo.
A delação premiada com a qual Wesley Batista tentou incriminar Azambuja ficou esvaziada. O governador foi inocentado, com a recomendação de reforçar ao máximo a fiscalização de acordos dos Tares. O então secretário de Fazenda, Márcio Monteiro, reconheceu que a fiscalização não era suficiente para monitorar e encontrar todos os pontos de irregularidades.